nautilus は、コンテキストメニューから shell script(まぁ環境変数読むならperlとかを使うこともできる)を選択したファイル(複数)に対して適用するための nautilus script という仕組みがあります。で、画像変換スクリプトとかもあるんですが、上の script だとネットワーク越しのファイルが見えない。ネットワーク越しのせいかソフトリンクのせいなのかちゃんと調べてないんでアレですが、多分ネットワーク越しのせい。
というわけで、上のファイルを nautilus script の本家に書いてある別のファイル指定方法に修正して、その他修正して現在使用中。