やり方自体はPhotoshopと全く同じですが、ツールの名前が若干違うので、メモ。
まず、線画をスキャンする。スキャンした画像をgimpで開きます。「画像」→「モード」→「グレースケール」を選択し、画像をグレースケールにします。
次に、線画をはっきりさせます。「レイヤー」→「色」→「Levels」(もしくは「レベル」)で色レベルの調整ダイアログを開き、白(255)の方の目盛りを調整し線画をはっきりさせ、薄い部分はとばします。そして、ゴミを消したり、線の補修をします。
「チャンネル」ダイアロクで"Gray"(もしくは"グレイ")チャンネルを選択し、メニュー("Gray"チャンネル上で右クリック)から「チャンネルを選択領域へ」を選択します。そして、作業領域上で「選択」→「反転」を行い、選択領域を反転させます。
背景無しの新しいレイヤーを作り、選択領域が生きた状態で、塗りつぶしツールで線画の色を選択し(とりあえず黒)、Shiftを押しながら塗りつぶします(選択領域全体に反映させる)。
これで線画だけを別レイヤーに移すことができます。まぁ、読んでいただければわかる通り、やることはPhotoShopの本なんかと全く同じです。